1) Вложения в модернизацию хозяйства. В органике не используются химически синтезированные гербициды для контроля сорняков и изменены подходы к обработке почвы, поэтому необходима специально разработанная техника.
2) Недополучение прибыли во время переходного периода. Он длится 2-3 года: в это время производитель уже придерживается требований стандартов, но еще не может маркировать и продавать продукцию как органическую по высокой цене.
3) Потери в товарности, которые возникают, т. к. органическая продукция часто уступает по внешнему виду обычной.
4) Потери в урожайности, возможные из-за того, что биологические средства защиты растений не всегда эффективны на 100%.
5) Высокие расходы на доставку и хранение органической продукции: склады должны быть сертифицированы, а логистические цепочки еще недостаточно оптимизированы.
6) Расходы на сертификацию всех этапов производства: оплата услуг сертификационной компании и специалистов, которые курируют сертификационную деятельность в хозяйстве.
7) Расходы на подготовку или переподготовку кадров.